Audi inició las prácticas de las 6 Horas de Fuji colocando a sus dos R18 en la primera y tercera posición. El Nº 7 de Benoit Treluyer, André Lotterer y Marcel Fassler marcó el mejor tiempo con un registro de 1m25.030s en la primera sesión del viernes. 

El segundo coche de la marca de los cuatro aros, el Nº 8 de Oliver Jarvis, Loic Duval y Lucas di Grassi se situó tercero a una diferencia de 0.808s segundos respecto a sus compañeros de equipo. 

Entre los dos vehículos alemanes se situó el Toyota TS050 Nº 6 de Stéphane Sarrazin, Mike Conway y Kamui Kobayashi, que terminaron a medio segundo del mejor tiempo. 

Los líderes de la clasificación general de la LMP1 H, el Porsche Nº 2 de Marc Lieb, Neel Jani y Romain Dumas fueron cuartos con una mejor vuelta de 1m25.962s y una diferencia de 0.932 segundos. Detrás de ellos se situó el 919 Hybrid Nº 1 de Mark Webber, Brendon Hartley y Timo Bernhard. 

LMP2

La escudería rusa G-Drive Racing, con el Nº 26, se ubicó en la primera plaza de la división LMP2 con un tiempo de 1m33.204s, seguido por el ESM Nº 31 con un registro de 1m33.475s. Strakka Racing completó el top 3 con un cronómetro de 1m33.486s. 

El Manor Nº 44 terminó quinto en su categoría, con el español Roberto Merhi rodando en la última parte colocando un registro de 1m34.871s, aunque el mejor tiempo de su coche ( 1m33.676s) lo consiguió su compañero Richard Bradley.

Pelea abierta 

Ford, Porsche y Ferrari intercalaron las tres primeras posiciones en la división GTE Pro. El GT40 Nº 67 de Andy Priaulx y Harry Tincknell fue primero gracias a una vuelta rápida de 1m39.216s. Segundo resultó el Porsche 911 Nº 77 de Richard Lietz y Michael Christiensen.

La tercera plaza fue para el Ferrari 488 de Gianmaria Bruni y James Calado. 

WEC 2016 Fuji

Pos	#	Pilotos	Coche	Cat	V	Tiempo	Gap
1	7	Andre Lotterer   Marcel Fassler   Benoit Tréluyer	Audi R18	LMP1	38	1'25.030
2	6	Stéphane Sarrazin   Kamui Kobayashi   Mike Conway	Toyota TS050 Hybrid	LMP1	35	1'25.556	0.526
3	8	Lucas di Grassi   Loic Duval   Oliver Jarvis	Audi R18	LMP1	42	1'25.838	0.808
4	5	Anthony Davidson   Kazuki Nakajima   Sebastien Buemi	Toyota TS050 Hybrid	LMP1	39	1'25.885	0.855
5	2	Romain Dumas   Neel Jani   Marc Lieb	Porsche 919 Hybrid	LMP1	18	1'25.962	0.932
6	1	Mark Webber   Timo Bernhard   Brendon Hartley	Porsche 919 Hybrid	LMP1	44	1'26.097	1.067
7	13	Alexandre Imperatori   Dominik Kraihamer   Matheo Tuscher	Rebellion R-One	LMP1	36	1'30.917	5.887
8	4	Simon Trummer   Oliver Webb   Pierre Kaffer	CLM P1/01	LMP1	31	1'31.549	6.519
9	26	Will Stevens   Roman Rusinov   Alex Brundle	Oreca 05	LMP2	42	1'33.204	8.174
10	31	Pipo Derani   Ryan Dalziel   Chris Cumming	Ligier JS P2	LMP2	41	1'33.475	8.445
11	42	Jonny Kane   Lewis Williamson	Gibson 015S	LMP2	37	1'33.486	8.456
12	43	Bruno Senna   Ricardo Gonzalez   Filipe Albuquerque	Ligier JS P2	LMP2	34	1'33.527	8.497
13	44	Roberto Merhi   Richard Bradley   Matt Rao	Oreca 05	LMP2	33	1'33.676	8.646
14	37	Vitaly Petrov   Viktor Shaytar   Kirill Ladygin	BR01	LMP2	39	1'34.069	9.039
15	30	Giedo van der Garde   Sean Gelael   Antonio Giovinazzi	Ligier JS P2	LMP2	46	1'34.250	9.220
16	35	Paul Loup Chatin   Ho-Pin Tung   David Cheng	Alpine A460	LMP2	44	1'34.316	9.286
17	36	Nicolas Lapierre   Gustavo Menezes   Stéphane Richelmi	Alpine A460	LMP2	40	1'34.396	9.366
18	27	Maurizio Mediani   Nicolas Minassian   Mikhail Aleshin	BR01	LMP2	37	1'34.503	9.473
19	45	Shinji Nakano   Tor Graves   Alex Lynn	Oreca 05	LMP2	19	1'34.818	9.788
20	67	Harry Tincknell   Andy Priaulx	Ford GT	LMGTE PRO	40	1'39.216	14.186
21	77	Richard Lietz   Michael Christensen	Porsche 911 RSR (2016)	LMGTE PRO	40	1'39.545	14.515
22	51	Gianmaria Bruni   James Calado	Ferrari 488 GTE	LMGTE PRO	42	1'39.697	14.667
23	66	Stefan Mücke   Olivier Pla	Ford GT	LMGTE PRO	39	1'39.716	14.686
24	71	Sam Bird   Davide Rigon	Ferrari 488 GTE	LMGTE PRO	43	1'39.743	14.713
25	95	Marco Sorensen   Nicki Thiim	Aston Martin Vantage V8	LMGTE PRO	45	1'40.176	15.146
26	97	Darren Turner   Richie Stanaway	Aston Martin Vantage V8	LMGTE PRO	43	1'40.590	15.560
27	83	Francois Perrodo   Emmanuel Collard   Rui Aguas	Ferrari F458 Italia	LMGTE AM	43	1'40.775	15.745
28	98	Pedro Lamy   Paul Dalla Lana   Mathias Lauda	Aston Martin Vantage V8	LMGTE AM	44	1'40.935	15.905
29	50	Pierre Ragues   Ricky Taylor   Yutaka Yamagishi	Chevrolet Corvette C7-Z06	LMGTE AM	41	1'41.287	16.257
30	78	Christian Ried   Wolf Henzler   Joel Camathias	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	42	1'41.292	16.262
31	88	David Heinemeier Hansson  Patrick Long   Khaled Al Qubaisi	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	43	1'41.458	16.428
32	86	Michael Wainwright   Adam Carroll   Ben Barker	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	42	1'41.795	16.765